Căn bệnh Minamata vẫn là một vấn đề quan trọng trong xã hội Nhật Bản hiện đại. Các vụ kiện chống lại Chisso và chính quyền tỉnh và thành phố vẫn đang được tiếp tục và rất nhiều người cho rằng những phản hồi từ chính quyền cho đến ngày nay vẫn chưa đủ. Trên trang web về "Bao quát lịch sử" của công ty và những trang web khác đều không hề nhắc tới vai trò của họ trong việc làm ô nhiễm nặng ở Minamata và hậu quả đầy chết chóc sau đó. Bản báo cáo thường niên vào năm 2004 của họ không hề đề cập đến khoản tiền tương đương 50 triệu đô la Mỹ (5,820 triệu yên) về "trách nhiệm bồi thường cho căn bệnh Minamata". Từ năm 2000 đến 2003, công ty có báo cáo tổng số tiền bồi thường hơn 170 triệu đô. Các bản kê khai năm 2000 cũng cho thấy chính quyền Nhật Bản và tỉnh Kumamoto đã miễn cho một khoản tiền lớn 560 triệu đô la Mỹ liên quan đến khoản tiền trợ cấp. Cũng trong bản báo cáo các năm 2004 và 2005, họ nhắc đến căn bệnh Minamata như là "căn bệnh của người thợ làm mũ điên", cái tên ám chỉ căn bệnh nhiễm độc thuỷ ngân mà những người thợ làm mũ gặp phải ở những thế kỉ trước (Mad Hatter)

Một buổi lễ tưởng niệm đã được tổ chức tại Bảo tàng thành phố về căn bệnh Minamata đã được diễn ra vào ngày 1 tháng 5 năm 2006 để kỉ niệm 50 năm kể từ khi chính thức phát hiện ra căn bệnh. Bất chấp thời tiết khắc nghiệt, buổi lễ vẫn được diễn ra với sự tham gia của 600 người, bao gồm cả chủ tịch Chisso Shunkichi Goto, và đại diện từ Bộ Môi trường Yuriko Koike.

Thứ 2 ngày 29 tháng 3 năm 2010, một nhóm gồm 2,123 nạn nhân chưa được xác nhận đã đạt được một sự hoà giải với chính quyền Nhật Bản, chính quyền tỉnh Kumamoto, và tập đoàn Chisso để nhận khoản bồi thường một lần 2.1 triệu yên và tiền trợ cấp y tế hàng tháng.

Hầu hết các bệnh nhân sơ sinh ngày nay đã ở tầm 40, 50 tuổi và sức khoẻ bị ảnh hưởng trầm trọng. Bố mẹ họ, những người duy nhất chăm sóc họ, đã bắt đầu 70, 80 tuổi và đa phần đã mất. Các nạn nhân này thường bị hạn chế trong căn nhà của họ với sự chăm sóc của gia đình, hoàn toàn tách biệt với cộng đồng. Một vài cơ sở cứu tế cho các bệnh nhân đã được thành lập. Một ví dụ điển hình là Nhà Hot (ほっとはうす Hotto Hausu?), một trung tâm đào tạo đặc biệt cho các bệnh nhân bẩm sinh và những người bị dị tật ở khu vực Minamata. Các thành viên nhà Hot cũng tham gia vào nâng cao ý thức về căn bệnh Minamata, họ thường tham gia vào các cuộc hội thảo, semina cũng như thường xuyên tham gia vào các trường tiểu học trong khắp quận Kumamoto.